QuarantineRootについて
OS X 10.11 El CapitanやmacOS 10.12 Sierraのインストーラーには、
古いOSからアップデートした時、SIP(Rootless)で保護するディレクトリ
(/bin、/sbin、/usr、/System)から非Apple製のファイルを探しだして
「QuarantineRoot」というディレクトリに移動させるという機能が搭載
されています。QuarantineRootの場所は
/Library/SystemMigration/History/Migration-<UUID>/QuarantineRoot
です。El CapitanやSierraにアップグレードして行方不明のファイルがあったら
QuarantineRootの中を探してみると見つかる可能性があります。